进入21世纪,参与长跑运动的人越来越多,已经成功举办了二十届的北马也在不断优化升级。2000 年,除设男、 女全程马拉松项目外,还设立了半程马拉松、10公里、5公里和轮椅马拉松、轮椅半程马拉松等共12个项目,是项目 最全的一届北马比赛。2001 年,北马取消了轮椅马拉松项目,此后多年北马基本维持了全程马拉松、半程马拉松、10 公里赛、迷你马拉松这4个项目。
除了项目不断调整,比赛路线上在这几年也是多次微调。2000、2001 年,比赛均从天安门广场出发,经西长安街从复兴门桥西侧路下桥向南,上西二环路经广安门桥、 菜户营桥(10 公里终点),向西上西三环路,向北经丽泽桥、 六 里 桥 、花 园 桥北( 半程马拉松终点 ),至苏州桥进入北三环,至四通桥、蓟门桥、安贞桥、和平东桥,向东南沿东三环 路向南至长虹桥下,向东到达朝阳公园结束(2001 年,朝 阳公园确定为北京奥运会沙滩排球项目候选场地)。2002 年,比赛路线有了较大变动。起点依然设在天安门广场,但 终点改为国家奥林匹克体育中心体育场,中途经过长安街、 钓鱼台 、航天桥 、昆玉河畔 、大运村 、亚运村等地标 ,总体路线平坦、风景秀丽。此后5届北马路线基本与此一致。